II Magistrato è organo esecutivo nel governo della Misericordia.
Il Magistrato è composto da cinque membri, compreso il Governatore, e saranno nominati da quest'ultimo tra i componenti del Consiglio subito dopo la sua elezione.
Il Governatore provvederà a presentare al Consiglio i membri del Magistrato da lui scelti per la presa d'atto da parte del Consiglio medesimo. Questo avverrà nella seduta di Consiglio immediatamente successiva a quella in cui è avvenuta la sua elezione.
Il Governatore assegnerà ai vari membri del Magistrato gli incarichi ai quali gli stessi saranno preposti.
Si riunisce dietro indicazione del Governatore ed ha i seguenti compiti:
provvede all'amministrazione della Misericordia salvo quanto di pertinenza del Consiglio;
provvede alla predisposizione del regolamento organico per la determinazione della pianta, dei doveri, dei diritti, delle mansioni e della disciplina del personale dipendente;
delibera sull'ammissione dei nuovi Confratelli;
delibera il passaggio degli aspiranti alla categoria dei Confratelli;
assume i provvedimenti disciplinari di sua competenza;
predispone annualmente il Bilancio preventivo e consuntivo della Istituzione. Ambedue verranno sottoposti alla ratifica del Consiglio ed il consuntivo anche a quella dell'Assemblea;
prende, in via di urgenza, i provvedimenti che reputa necessari nell'interesse del Sodalizio;
determina l'ammontare della quota associativa annuale che ogni Confratello deve versare annualmente per il funzionamento dell'Arciconfraternita a seconda della categoria di
appartenenza, come pure provvederà ad aggiornare compensi e tariffe per tutti i servizi forniti all'Istituzione con particolare riguardo per i Confratelli iscritti e lo propone al Consiglio per l'approvazione;
provvede alla scelta delle opere di carità da porsi in atto secondo la disponibilità e possibilità dell'Arciconfraternita;
compie ogni altra funzione ed esercita qualunque altro potere che il presente Statuto non attribuisce specificatamente ad altri organi dell'Arciconfraternita.